Dari beragam masalah yang membelit sektor tambang nasional, perizinan merupakan masalah yang paling banyak disorot. Berdasarkan status pasca pengumuman ke-24, dari total 8.524 izin yang telah dikeluarkan, sebanyak 2.522 atau 30 persen izin usaha pertambangan (IUP) masih bermasalah atau belum berstatus clear and clean (C&C). Status C&C memastikan bahwa IUP tidak menyalahi aturan dan wilayah tambang tidak tumpang tindih dengan perusahaan tambang lainnya.
IUP yang belum patuh hukum paling banyak ditemukan di wilayah Kalimantan Selatan, dengan jumlah mencapai 351 izin. Selanjutnya, banyak ditemukan di Jawa Barat (291 IUP), Kalimantan Timur (275 IUP), dan Sulawesi Selatan (188 IUP). Berdasarkan Peraturan Menteri Energi dan Sumber Daya Mineral (ESDM) Nomor 43/2015 tentang Tata Cara Evaluasi Penerbitan IUP Minerba, jika hingga batas waktu evaluasi IUP belum memperoleh status C&C, maka IUP tersebut harus dicabut.
Sejatinya, masa evaluasi IUP telah berakhir pada Januari 2017. Namun demikian, Menteri ESDM Ignasius Jonan memberikan perpanjangan waktu penataan izin pertambangan mineral dan batubara. Tujuannya, memberi waktu bagi gubernur memproses pengurusan izin agar berstatus C&C mengingat kewenangan pengurusan status C&C telah berpindah dari pemerintah kabupaten ke pemerintah provinsi. Selain isu status C&C, masalah lain yang juga membayangi industri minerba adalah status lahan reklamasi dan tunggakan pendapatan negara bukan pajak (PNBP).